و تغییرات فیزیکی و شیمیایی به وجود آمده در خاک که با دخالت انسان باعث بروز اختلال در سیستم خاک و آب گردیده است و بدون در نظر گرفتن عواقب منفی و خطرناک فقط سعی در کسب درآمد و برآورده نمودن نیازهای غذایی جامعه بوده است.
 

در روش كشاورزی ارگانیك به خاك اهمیت به سزایی داده می شود. استفاده از روشهایی چون کودهای بیولوژیک، کمترین شخم، تناوب در کشت، تقویت و بهبود جانواران مفید خاک و تخمیر مواد آلی و افزایش مواد مغذی خاک، باعث بهبود بافت خاک گردیده و استفاده از کمپوست ها و کودهای آلی و حیوانی باعث باروری بیشتر خاک می گردد و به همین سبب فرسایش خاک به میزان قابل توجهی کاهش می یابد.
جدا از بخش مواد معدنی، خاك حاوی مواد ارگانیک و هوموس است كه در نتیجه تجزیه بیوماس بوجود می آید. در اغلب خاك های كشاورزی در مناطق گرم این ماده فقط درصد كمی را شامل می شود و دركل 1% كل مواد جامد خاك را تشكیل می‌‌ دهد كه این امر برای باروری خاك بسیار مهم است